十数年前 （一側面） ローレットとエミリオなどが魔術と科学の研究をし、騎士に潰される
１０年前 (紅炎序章) とある家で火災が発生、6歳の少年の生存確認
一ヵ月後、少年は学園都市に引き取られる。
３年前 （黙示録） 木原教授の実験に木山春生の生徒として、サクラが参加。
その実験の事故によって、サクラは意識不明の重体に。
事故の後始末に湯島が指揮する猟犬部隊ＳＯＦが投入され、結城が猟犬部隊に引き込まれる。
２年前 （黙示録）
とある研究施設へ猟犬部隊ＳＯＦが投入され、猟犬部隊ＳＯＦは壊滅する。
サクラ死亡。結城と湯島、猟犬部隊から離反。学園都市の闇へと姿を消す。
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１月初旬 （黙示録） 『ヴァンパイアズ』と名乗るテロ組織が科学側及び魔術側に対してテロ活動を活発化させる。
３月末 （一側面零話） 南森がとある事件に巻き込まれてイギリスへ
事態は収拾し、ローレットの取り計らいによって南森が学園都市に行く
５月末 （一側面） ここまでを差して南森曰く、「自分には何も無かった」
南森と山吹風音が出会っていた
６月初旬 （一側面）
第二二学区のとある研究所が南森によって完全に壊滅される
６月中旬 （一側面） 南森が風紀委員となる
椎原と南森が出会う
６月末 （一側面） 南森と土御門が魔術師の誰かを捕縛
７月１０日（黙示録１話） 第七学区のとあるエリアにて戦争時の不発弾が発見され、封鎖される
（黙示録２話） 結城が封鎖エリアに侵入し、テロリストと交戦後、南森が介入
桜坂、南森に頼まれ、封鎖エリアに侵入し、結城と出逢う。
（黙示録３話） 湯島、パトカーを強奪し、封鎖エリアへ突貫
木原数多の指揮する猟犬部隊が投入されるが、間一髪で湯島のパトカーで三人は離脱する。
結城、南森を殴る。
７月１１日（黙示録４話） 結城の桜坂へのストーカーが始まる
湯島、意識不明者続出事件で木山春生の名前を見付ける。
（黙示録５話） 結城と桜坂、喫茶店『シエスタ』にて熱いケーキ談義を繰り広げる。
夜に酒もあって、湯島が三年前の結城との出逢いを夢に見る。
７月１２日（黙示録６話） 御坂と白井が結城のストーカーを目撃。
桜坂、下校時に湯島と出逢い、自分はどうしたいのかを考えさせられる。
（黙示録７話） 結城ＶＳウィザード
雨の中、結城と桜坂の仲が少しだけ進展。その話の途中、気を失った結城は桜坂の胸へとダイブ。
７月１４日（黙示録８話） 病院で目覚めた結城は見舞いに来た桜坂と携帯電話の番号とメールを交換する。
湯島、病院でカエル顔の医者と出逢い、意識不明者続出事件について意見を交換する。
第十学区にて研究施設の爆発事故が発生。
７月１５日（黙示録９話） 結城、退院
桜坂と一緒に登校時、“ゴーレム”が急襲。“ヴァンパイアズ”のゲームに否応なく巻き込まれる。
結城ＶＳ桜坂。
（黙示録１０話） 桜坂ＶＳゴーレム
（黙示録１１話） 桜坂の怪我の治療の為、結城の学生寮へ
（黙示録１２話） とある高校にて結城、桜坂、湯島、黄泉川、南森、椎原、緋群、そして、“ゴーレム”が大乱闘を演じる
（黙示録１３話） 激しい戦いによって、とある高校の旧校舎が半壊になる。
（黙示録１４話） 桜坂が瀕死の重傷を負い、結城が決死の特攻の果てに南森達を無力化し、《殺伐世界》を無力化する
結城誠司、死亡。
（黙示録１５話） 夜に湯島、病院へ入院。そこで、土御門の口から“ヴァンパイアズ”についての情報が齎される
桜坂＆結城、湯島の見舞いでローレットに出会う。
（黙示録１６話） ローレットが結城に五日間の猶予時間を与える
７月１６日（黙示録１７話）
結城、常盤台中学学生寮前にて御坂＆白井と話す。
桜坂、期末の能力検査にて常盤台第三位になる。
授業終了後、屋上にて結城が自身の進退について語り、湯島に桜坂を託す。
（黙示録１８話） その後、小萌と話す事で湯島の迷いが吹っ切れ、“電話の奴”と今後の対策を話す
結城＆桜坂、“風紀委員”統括部隊に所属する氷蔵と出逢い、『幻想御手』という言葉を耳にする。
７月１７日（黙示録１９話） 虚空爆破事件の現場検証に結城、桜坂、湯島が参加
その後、回転寿司で意識不明者続発事件の事が話題になる。
７月１８日（一側面１話） 第七学区で銀行強盗事件発生
夜に緋群が探し人のメモを書いていた
７月１９日（一側面２話） 期末能力測定で南森が校庭に大穴をあける
神裂とステイルが学園都市に来る
（黙示録２０話） 期末能力検査にて南森がグラウンドに空けた大穴を結城と椎原が埋める。
（一側面３話） 神裂・ステイルと南森が会って案内等をする
南森は後々に御坂＆白井に『幻想御手』を使っているのではないかと疑われる
（黙示録２０話） 結城がとある宝石店にて、ペンダントを購入。その直後、土御門によって拉致される。
(紅炎１話)
上条と上坂、不良達に追いかけられる
上条と上坂、御坂と遭遇する
（一側面４話） 夕方、椎原によってドリアンが脅威の平行滑空する、夜に南森が神裂の風呂場覗きを未遂
（黙示録２０話） 湯島が“電話の奴”から『G.E.H.E.N.N.A.』を巡る暗闘の真実を聞かされる。
（一側面５話） 夜に南森が猟犬部隊に企業スパイを引き渡し、後にインデックスを学園都市内に連れ入る
（黙示録２１話） 深夜の第十一学区にって、結城達と猟犬部隊、そして“ヴァンパイアズ”の三つ巴の戦いが繰り広げられる
（黙示録２２話） 結城と湯島が攻撃ヘリを駆り、桜坂の協力もあって、ＦＳＭの攻撃ヘリ一機を撃破する
（黙示録２３話） 桜坂ＶＳ猟犬部隊ＦＳＭ
“ウィザード”ＶＳ結城＆湯島＠攻撃ヘリ。
結城と“ウィザード”の因縁が一応の決着を見る
７月２０日（黙示録２４話） 迎電部隊の施設を“ヴァンパイアズ”が急襲
“ヴァンパイアズ”がＧ８及び中国の主要証券取引所に対して、電子テロを実行する。
結城誠司が“ヴァンパイアズ”に加入し、“グール”を名乗る。
(紅炎２話)
上坂、補習のため登校、補習の帰りに上条と上坂がアパートでインデックスが倒れているのを発見する
ステイルと遭遇して交戦して上坂の超能力が発現する
（一側面５話） 南森と椎原が緋群の調べ事をする
夜に南森が上条達の寮に消防車が集まっているのを見かけて疑問に思う
７月２１日(紅炎３話) 上坂は青髪ピアスにストーカー疑惑を持つ。上条と上坂は小萌先生宅でインデックスの事情を聞く
７月２４日（一側面６話） 南森＆椎原が第二学区で訓練
(紅炎４話) 上坂、再びステイルと交戦し敗北する
病院で土御門と話し、土御門の正体を知る
（一側面７話） 夜８時に南森とステイルが交戦。南森が続いて神裂と出会って「止める」と宣言する
その後に南森が月詠に上条の保護を頼む
７月２５日（一側面８話） ＜置き去り＞に関する違法な実験施設を南森・椎原・緋群・黄泉川等が潰す
７月２６日（一側面９話） 南森が遠見に相談を持ちかけ、筋肉ダルマ達に追われ始める
７月２７日（一側面９話） 南森が椎原＆遠見と何気無く会話しながら”とある事実”に気付く
（一側面１０話） 午前０時の少し前、南森が月詠のアパートに到着。後に南森ｖｓ神裂＆ステイルpart１
（一側面１１話） 南森ｖｓ神裂＆ステイルpart2
７月２８日（一側面１２話） 南森ｖｓ神裂
（一側面１３話） 南森ｖｓ神裂が決着。これらの一部始終はローレットと土御門が見届けていた
（一側面１４話） インデックスの首輪を破壊
７月２９日（一側面１５話） 神裂が南森の病室を訪問。その後に椎原ＥＸ事件勃発
７月３０日（一側面１６話） ローレットが魔術で南森の傷を治す。南森の心にトラウマ発生
緋群が例のメモを片手に街を歩いていると南森と会い、カトレアとも遭遇
（一側面１７話） 南森ｖｓカトレア
（一側面１８話） ローレットｖｓカトレア
（一側面１９話） ローレットｖｓカトレアが決着
（一側面２０話） 病院で酒宴。椎原が視線で射殺す事を覚える
８月？日（真夏の一側面） とある温泉旅館で大騒ぎ
８月２１日（一側面）
南森が上条ｖｓ一方通行が行われている傍で”垣根
提督”と戦闘
８月２８日（一側面２１話） 『御使堕し』が発動し、ごちゃごちゃの見掛けに南森が混乱
（一側面２２話） 青髪フリル事件、砂浜惨殺事件（未遂）が発生。
神裂と話をしているところに遭遇した椎原によって南森は平手打ちをくらう
（一側面２３話） 神裂の風呂場突入事件勃発。目撃後にしっかりと粛清される
（一側面２４話） 南森ｖｓ垣根part1
（一側面２５話） 南森ｖｓ垣根part2、ミーシャが『御使堕し』の犯人として南森を疑う
（一側面２６話） 南森と緋群の夜に会話をする。南森＆青髪ピアスが砂浜で暴れた後に鎮圧される
８月２９日（一側面２７話） 南森が昔の夢を見る。ミーシャが南森を朝っぱらから拉致
（一側面２８話） 南森と緋群の意味深な会話が行われる。スイカ割りという名の男のバトル勃発
（一側面２９話） 南森と刀夜が夕日を前に会話。椎原との約束を後に控えた南森が垣根と相対する
（一側面３０話） 南森ｖｓ垣根part3。天使が降臨して夜空に魔方陣が展開する
（一側面３１話） 南森ｖｓ垣根part4。試合に勝って勝負に負ける
（一側面３２話） 天使の戦いと神裂の戦いが繰り広げられる
（一側面３３話） 南森と椎原が夜の砂浜で会話をする
８月３０日（一側面３３話） 南森の不可思議な点を神裂とローレットが彼に解説していく
８月３１日（一側面３４話） ＜アイテム＞の指標無しの篭絡騒動が勃発
（一側面３５話） 緋群と麦野の接触、南森ｖｓ絹旗
